| Téléchargement | - Voir le manuscrit accepté : Functional Annotation of Genes Using Hierarchical Text Categorization (PDF, 266 Kio)
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| Auteur | Rechercher : Kiritchenko, Svetlana; Rechercher : Matwin, S.; Rechercher : Famili, Fazel |
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| Format | Texte, Article |
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| Conférence | BioLINK SIG: Linking Literature, Information and Knowledge for Biology, a Joint Meeting of The ISMB BioLINK Special Interest Group on Text Data Mining and The ACL Workshop on Linking Biological Literature, Ontologies and Databases: Mining Biological Semantics to be held in conjunction with the Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005), June 24, 2005, Detroit, Michigan, USA |
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| Résumé | Le présent article porte sur l'annotation fonctionnelle de gènes à partir de la littérature biomédicale. Nous considérons que cette annotation est un problème de catégorisation hiérarchique de texte dans lequel la Gene Ontology est une hiérarchie de classes. Nous présentons une nouvelle approche globale d'apprentissage hiérarchique qui tient compte de la sémantique d'une hiérarchie de classes. Cet algorithme, avec AdaBoost comme procédure sous-jacente d'apprentissage, donne de bien meilleurs résultats que l'approche correspondante « tabulaire », c'est-à-dire qui ne considère aucune information hiérarchique. En outre, nous proposons une nouvelle mesure d'évaluation hiérarchique qui tient compte d'une classification partiellement correcte et qui distingue les erreurs selon la distance et selon la profondeur dans une hiérarchie de classes. |
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| Date de publication | 2005 |
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| Dans | |
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| Langue | anglais |
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| Numéro du CNRC | NRCC 48063 |
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| Numéro NPARC | 5763768 |
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| Identificateur de l’enregistrement | 4681be12-118e-43be-8014-31379eb5aa98 |
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| Enregistrement créé | 2009-03-29 |
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| Enregistrement modifié | 2020-10-09 |
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