| Résumé | Les expériences génétiques effectuées chez l’humain sont souvent menées en se fondant sur les gènes orthologues d’autres mammifères comme la souris et le rat. Les conclusions qui en résultent sont souvent limitées quant à leur applicabilité chez l’humain. Ce constat a soulevé la question de savoir pourquoi les gènes orthologues qui présentent pourtant des régions codantes étroitement liées ou même identiques se comportent différemment chez divers mammifères, et nous a incités à étudier le promoteur de ces gènes. Nous avons proposé un indice de similarité des promoteurs fonctionnels ou FPSI [functional promoter similarity index] fondé sur le nombre d’associations présumées, mais statistiquement significatives (p ≤ 0,05), entre des facteurs de transcription et leurs gènes orthologues cibles. Nous avons déduit de telles associations à partir d’une recherche des sites de fixation de facteur de transcription connus des promoteurs de ces gènes. Des données sur l’expression de gènes par puces à ADN ont servi à valider le FPSI. Nous avons effectué une étude en paires de sept génomes de vertébrés (humain, chimpanzé, souris, rat, chien, poulet et poisson-zèbre). Le FPSI des gènes orthologues est généralement élevé entre l’humain et le chimpanzé, dont le FPSI moyen est de 0,79, mais diminue graduellement lorsque l’on compare l’humain à la souris (0,22), au rat (0,2), au chien (0,2), au poulet (0,13) ou au poisson-zèbre (0,06). Par la suite, nous avons effectué une analyse analogue pour 2128 gènes humains associés au cancer et les résultats obtenus ont été similaires, mais nous avons constaté une amélioration considérable du FPSI entre ces gènes humains et leur orthologue chez la souris, le rat et le chien. Les régions promotrices différentes des gènes orthologues semblent se trouver dans l’ensemble du génome et ont présenté une corrélation négative avec la divergence évolutive des organismes. Une telle corrélation tend à indiquer que le FPSI pourrait s’utiliser comme mesure de la conservation phylogénétique. |
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